Ing. Jan Červený, Ph.D.

Foto
Pozice: Vedoucí výzkumné sekce, vedoucí oddělení
Oddělení: Oddělení adaptivních biotechnologií
Pracoviště:
ÚVGZ AV ČR, v. v. i.
Drásov 470
Drásov
664 24

Email: cerveny.j@czechglobe.cz
Telefon: 775 171 968

Odborné zaměření

experimentání biologie; systémová biologie; biologické rytmy; mikrořasové biotechnologie; vývoj bioaplikací; optimalizace bioprodukce; selekční výběr/šlechtění mikrořas; matematické modelovéní



  • Vývoj metod pro charakterizaci a efektivní optimalizaci produkčních a adaptivních vlastností fotosyntetických mikroorganismů

  • Vývoj referenční experimentání platformy pro validační experimenty

  • Vývoj a návrh technologických řešení pro viabilní řasové biotechnologie

  • Vývoj výpočetní platformy pro prediktivní (in silico) experimenty (http://www.e-cyanobacterium.org/, http://www.e-photosynthesis.org)

  • Matematické modelovéní a identifikace oscilačních mechanismů u řas a sinic v širokém spektru kultivačních podmínek

  • Vysokokapacitní fluorescenční mikroskopické analýza fotosyntetických mikroorganismů na jednobuníčné úrovni

  • Třídění směsných populací a selekce podpopulací s vybranými vlastnostmi

  • Šlechtění vybraných druhů mikroorganismů

Vzdělání


  • 2011: Ph.D. z Technické kybernetiky, studijní obor Teorie řízení a systémové inženýrství, České vysoké učení technické v Praze (téma Matematické modely v řasových biotechnologiích, školitel prof. P. Zítek)

  • 2004: Ing. z Přístrojové a řídící techniky na Oddělení automatického řízení, České vysoké učení technické v Praze

Profesní kariéra


  • 2015 : Vedoucí výzkumné sekce, Sekce adaptivních a inovačních technik, Ústav výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov

  • 2013 : Vedoucí oddělení, Oddělení adaptivních biotechnologií, Centrum výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov

  • 2010 - 2013: Vedoucí skupiny, Laboratoř fyziologie a biotechnologie, Ústav systémové biologie a ekologie, v.v.i, Nové Hrady

  • 2009 - 2012: R&D a vědecký poradce, Photon Systems Instruments, spol. s r.o., Drásov

  • 2005 - 2010: Vědecký pracovník, Ústav systémové biologie a ekologie AV ČR, v.v.i, Nové Hrady

  • 2004 - 2007: Asistent výzkumu a vzdělávání, Ústav přístrojové a řídicí techniky, České vysoké učení technické v Praze, Praha

  • 2002 - 2007: Vědecký pracovník, Centrum aplikované kybernetiky, Praha


Významné výzkumné pobyty a stipendia


  • 2010 (7 měsíců): Research Associate at Department of Chemistry and Biochemistry, University of California Los Angeles, Los Angeles, USA (Prof. Sabeeha S. Merchant)

  • 2008 (1 měsíc): Visiting Scientist at Department of Biology, Washington University in St. Louis, St. Louis, USA (Prof. Himadri B. Pakrasi)

Členství

Člen Rady instituce Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.


Člen Kolegia ředitele Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.


Člen řídicí rady ESFRI Centra pro systémovou biologii - C4Sys


Člen recenzního panelu PLOS ONE


Člen recenzního panelu Engineering in Life Sciences


Člen recenzního panelu Bioresource Technology


Člen recenzního panelu Plant and Cell Physiology


Člen recenzního panelu Algal Research


Člen recenzního panelu Photosynthetica


Člen recenzního panelu Journal of Advanced Research


Člen recenzního panelu BioProtocols


Člen Society for Experimental Biology

Stručná scientometrie

Statistiky (GS [WoS]):


Počet publikací: 51 [21]
Počet citací
: 465 [260]

h-index: 14 [11]


ResearcherIDORCID


Odborné recenzované časopisy:


- hlavní nebo korespondující/supervizující autor:


Phenotypic characterization of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains reveals differences in sensitivity to abiotic stress
Zavřel T, Očenášová P, Červený J
2017. PLOS ONE 12(12): 1-21


Optimizing cyanobacterial product synthesis: Meeting the challenges
Zavřel T, Knoop H, Červený J, Steuer R
2016Bioengineered 7(6): 490-496


Mechanisms of high temperature resistance of Synechocystis sp. PCC 6803: an impact of histidine kinase 34
Červený J, Sinetova MA, Zavřel T, Los DA
2015. Life 5(1): 676-699


Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor
Zavřel T, Sinetové MA, Búzové D, Literékové P, Červený J
2015. Eng Life Sci 15: 122 - 132


Ultradian metabolic rhythm in the diazotrophic cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Červený J, Sinetova MA, Valledor L, Sherman LA, Nedbal L
2013. Proc Natl Acad Sci USA 110: 13210-13215


On the dynamics and constraints of batch culture growth of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Sinetova MA, Červený J, Zavřel T, Nedbal L
2012. J Biotechnol 162: 148-155


E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
Šafrének D, Červený J, Klement M, Pospíšilové J, Brim L, Lazér D, Nedbal L
2011. Biosystems 103: 115-124


Metabolic rhythms of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142 correlate with modeled dynamics of circadian clock
Červený J, Nedbal L
2009. J Biol Rhythms 24: 295-303.


Photobioreactor for cultivation and real-time, in-situ measurement of O2 and CO2 exchange rates, growth dynamics, and of chlorophyll fluorescence emission of photoautotrophic microorganisms
Červený J, Šetlík I, Trtílek M, Nedbal L
2009. Eng Life Sci 9: 247-253.


- spoluautorství:


A model of optimal protein allocation during phototrophic growth
Faizi M, Zavřel T, Loureiro C, Červený J, Steuer R
2018. Biosystems 166: 26–36.


Effect of carbon limitation on photosynthetic electron transport in Nannochloropsis oculata
Zavřel T, Szabó M, Tamburic B, Evenhuis C, Kuzhiumparambil U, Literáková P, Červený J, Ralph PJ
2018. J Photochem Photobiol B 181: 31–43.


A quantitative evaluation of ethylene production in the recombinant cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 harboring the ethylene-forming enzyme by membrane inlet mass spectrometry
Zavřel T, Knoop H, Steuer R, Jones PR, Červený J, Trtílek M
2016. Bioresour Technol 202: 142-151.


Experimental validation of a nonequilibrium model of CO2 fluxes between gas, liquid medium, and algae in a flat-panel photobioreactor
Nedbal L, Červený J, Keren N, Kaplan A
2010. J Ind Microbiol Biotechnol 37: 1319-26.


Kapitoly v knihách


Microalgal adaptive biotechnologies for sustainable future.
Červený J, Zavřel T, Chmelík D, Búzová D, Fedorko J, Literáková P, Sukačová K, Segečová A & Roitsch T
2016. In Global Change & Ecosystems, Volume 2: Adaptation to global change, pp. 148-160


E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria.
Troják M, Šafránek D, Hrabec J, Šalagovič J, Romanovská F & Červený J
2016. In Computational Methods in Systems Biology, pp. 316–322


Relay feedback oscillator design for modeling circadian rhythms in cyanobacteria
Fišer J, Zítek P, Červený J
2012. In Proceedings of the ASME International Mechanical Engineering Congress and Exposition, pp 549-556, ASME IMECE, Denver.


Oscillators for modelling circadian rhythms in cyanobacteria growth
Fišer J, Červený J, Zítek P
2010. In Modelling, Simulation and Optimization - Focus on Applications, Cakaj S, ed, pp 105-119, In-Tech, Vukovar, Croatia.


Scaling and integration of kinetic models of photosynthesis: Towards comprehensive E-photosynthesis
Nedbal L, Červený J, Schmidt H
2009. In Photosynthesis in silico: Understanding Complexity from Molecules to Ecosystems, Laisk A, Nedbal L, Govindjee, eds, pp 17-29, Springer Netherlands, Dordrecht.


Ostatní výnamné publikace


Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models
Klement M, Děd T, Šafránek D, Červený J, Müller S, Steuer R
2014. Electron Notes Theor Comput Sci 306: 31-44


A Comprehensive Web-based Platform For Domain-Specific Biological Models
Klement M, Šafrének D, Děd T, Pejznoch A, Nedbal L, Steuer R, Červený J, Müller S
2013. Electron Notes Theor Comput Sci 299: 61-67


E-photosynthesis: a comprehensive modeling approach to understand chlorophyll fluorescence transients and other complex dynamic features of photosynthesis in fluctuating light.
Nedbal L, Červený J, Rascher U, Schmidt H
2007. Photosynth Res 93(1-3): 223-234