Pozice: Vedoucí výzkumné sekce, vedoucí oddělení
Oddělení: Oddělení adaptivních biotechnologií
Oddělení: Oddělení chytrých biotechnologií
Pracoviště: ÚVGZ AV ČR, v. v. i. Drásov 470 Drásov 664 24
Email: cerveny.j@czechglobe.cz
Telefon: 775171968
Odborné zaměření
kybernetika; optimalizace procesů; systémová biologie; experimentální biologie; umělá inteligence; strojové učení; biologické rytmy; mikrořasové biotechnologie; vývoj bioaplikací; selekční výběr/šlechtění mikrořas; matematické modelovéní;
- Vývoj metod pro charakterizaci a efektivní optimalizaci produkčních a adaptivních vlastností fotosyntetických mikroorganismů
- Vývoj referenční experimentální platformy pro validační experimenty
- Vývoj a návrh technologických řešení pro viabilní řasové biotechnologie
- Vývoj výpočetní platformy pro prediktivní (in silico) experimenty (http://www.e-cyanobacterium.org/, http://www.e-photosynthesis.org)
- Matematické modelování a identifikace oscilačních mechanismů u řas a sinic v širokém spektru kultivačních podmínek
- Vysokokapacitní fluorescenční mikroskopické analýza fotosyntetických mikroorganismů na jednobuněčné úrovni
- Třídění směsných populací a selekce podpopulací s vybranými vlastnostmi
- Šlechtění vybraných druhů mikroorganismů
Vzdělání
- 2011: Ph.D. z Technické kybernetiky, studijní obor Teorie řízení a systémové inženýrství, České vysoké učení technické v Praze (téma Matematické modely v řasových biotechnologiích, školitel prof. P. Zítek)
- 2004: Ing. z Přístrojové a řídící techniky na Oddělení automatického řízení, České vysoké učení technické v Praze
Profesní kariéra
- 2015 : Vedoucí výzkumné sekce, Sekce adaptivních a inovačních technik, Ústav výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov
- 2013 : Vedoucí oddělení, Oddělení adaptivních biotechnologií, Centrum výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov
- 2010 – 2013: Vedoucí skupiny, Laboratoř fyziologie a biotechnologie, Ústav systémové biologie a ekologie, v.v.i, Nové Hrady
- 2009 – 2012: R&D a vědecký poradce, Photon Systems Instruments, spol. s r.o., Drásov
- 2005 – 2010: Vědecký pracovník, Ústav systémové biologie a ekologie AV ČR, v.v.i, Nové Hrady
- 2004 – 2007: Asistent výzkumu a vzdělávání, Ústav přístrojové a řídicí techniky, České vysoké učení technické v Praze, Praha
- 2002 – 2007: Vědecký pracovník, Centrum aplikované kybernetiky, Praha
Významné výzkumné pobyty a stipendia
- 2019 (3 měsíce): Honorary Appointment Fellow na Climate Change Cluster, University of Technology Sydney, Sydney, Australia (Prof. Peter Ralph)
- 2010 (7 měsíců): Research Associate na Department of Chemistry and Biochemistry, University of California Los Angeles, Los Angeles, USA (Prof. Sabeeha S. Merchant)
- 2008 (1 měsíc): Visiting Scientist na Department of Biology, Washington University in St. Louis, St. Louis, USA (Prof. Himadri B. Pakrasi)
Členství
Člen Rady instituce Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.
Člen Kolegia ředitele Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.
Člen poradního panelu MathWorks
Člen pracovní skupiny CzechGlobe-HRS4R/HR Excellence in Research Award
Člen řídicí rady ESFRI Centra pro systémovou biologii – C4Sys
Member of Review board, Nature Communications
Member of Review board, Mayo Clinic: Digital Health
Člen recenzního panelu PLOS ONE
Člen recenzního panelu Engineering in Life Sciences
Člen recenzního panelu Bioresource Technology
Člen recenzního panelu Plant and Cell Physiology
Člen recenzního panelu Algal Research
Člen recenzního panelu Photosynthetica
Člen recenzního panelu Journal of Advanced Research
Člen recenzního panelu BioProtocols
Člen Society for Experimental Biology
Mentor mladých vědců pro Frontiers Young Minds
Stručná scientometrie
Statistiky (GS [WoS]):
Počet publikací: 87 [51]
Počet citací: 1701 [871]
h-index: 23 [16]
Odborné recenzované časopisy:
– hlavní, korespondenční nebo supervizující autor:
Accumulation of cyanobacterial oxadiazine nocuolin A is enhanced by temperature shift during cultivation and is promoted by bacterial co-habitants in the culture
Chmelík D, Hrouzek P, Fedorko J, Vu DL, Urajová P, Mareš J, Červený J
2019. Algal Research 44: 101673
Towards a quantitative assessment of inorganic carbon cycling in photosynthetic microorganisms
Müller S, Zavřel T, Červený J
2019. Eng Life Sci 19(12): 955-967
Quantitative insights into the cyanobacterial cell economy
Zavřel T, Faizi M, Loureiro C, Poschmann G, Stühler K, Sinetova M, Zorina A, Steuer R, Červený J
2019. Elife 8: e4250
Spectrophotometric determination of phycobiliprotein content in cyanobacterium Synechocystis
Zavřel T, Chmelík D, Sinetova MA, Červený J
2018. Journal of Visualized Experiments 139: 1–9
Phenotypic characterization of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains reveals differences in sensitivity to abiotic stress
Zavřel T, Očenášová P, Červený J
2017. PLOS ONE 12(12): 1-21
Mechanisms of high temperature resistance of Synechocystis sp. PCC 6803: an impact of histidine kinase 34
Červený J, Sinetova MA, Zavřel T, Los DA
2015. Life 5(1): 676-699
Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor
Zavřel T, Sinetová MA, Búzová D, Literáková P, Červený J
2015. Eng Life Sci 15: 122 – 132
Ultradian metabolic rhythm in the diazotrophic cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Červený J, Sinetova MA, Valledor L, Sherman LA, Nedbal L
2013. Proc Natl Acad Sci USA 110: 13210-13215
On the dynamics and constraints of batch culture growth of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Sinetova MA, Červený J, Zavřel T, Nedbal L
2012. J Biotechnol 162: 148-155
E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
Šafránek D, Červený J, Klement M, Pospíšilová J, Brim L, Lazár D, Nedbal L
2011. Biosystems 103: 115-124
Metabolic rhythms of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142 correlate with modeled dynamics of circadian clock
Červený J, Nedbal L
2009. J Biol Rhythms 24: 295-303.
Photobioreactor for cultivation and real-time, in-situ measurement of O2 and CO2 exchange rates, growth dynamics, and of chlorophyll fluorescence emission of photoautotrophic microorganisms
Červený J, Šetlíš I, Trtíšek M, Nedbal L
2009. Eng Life Sci 9: 247-253.
– selected co-authoring:
Keating, SM, et al.
Advancement of the cultivation and upscaling of photoautotrophic suspension cultures using Chenopodium rubrum as a case study.
Segečová A, Červený J, Roitsch T
2018. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC) 135(1): 37-51
A model of optimal protein allocation during phototrophic growth
Faizi M, Zavřel T, Loureiro C, Červený J, Steuer R
2018. Biosystems 166: 26–36
Effect of carbon limitation on photosynthetic electron transport in Nannochloropsis oculata
Zavřel T, Szabó M, Tamburic B, Evenhuis C, Kuzhiumparambil U, Literáková P, Červený J, Ralph PJ
2018. J Photochem Photobiol B 181: 31–43
A quantitative evaluation of ethylene production in the recombinant cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 harboring the ethylene-forming enzyme by membrane inlet mass spectrometry
Zavřel T, Knoop H, Steuer R, Jones PR, Červený J, Trtílek M
2016. Bioresour Technol 202: 142-151
Experimental validation of a nonequilibrium model of CO2 fluxes between gas, liquid medium, and algae in a flat-panel photobioreactor
Nedbal L, Červený J, Keren N, Kaplan A
2010. J Ind Microbiol Biotechnol 37: 1319-26
Book chapters
Influence of Circadian Clocks on Optimal Regime of Central C-N Metabolism of Cyanobacteria.
Červený J, Šalagovič J, Muzika F, Šafránek D, Schreiber I
2019. In Cyanobacteria: From Basic Science to Applications, pp. 193–206
Microalgal adaptive biotechnologies for sustainable future.
Červený J, Zavřel T, Chmelík D, Búzová D, Fedorko J, Literáková P, Sukačová K, Segečová A, Roitsch T
2016. In Global Change & Ecosystems, Volume 2: Adaptation to global change, pp. 148-160
E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria.
Troják M, Šafránek D, Hrabec J, Šalagovič J, Romanovská F, Červený J
2016. In Computational Methods in Systems Biology, pp. 316–322
Oscillators for modelling circadian rhythms in cyanobacteria growth.
Fišer J, Červený J, Zítek P
2010. In Modelling, Simulation and Optimization – Focus on Applications, Cakaj S, ed, pp 105-119, In-Tech, Vukovar, Croatia.
Scaling and integration of kinetic models of photosynthesis: Towards comprehensive E-photosynthesis
Nedbal L, Červený J, Schmidt H
2009. In Photosynthesis in silico: Understanding Complexity from Molecules to Ecosystems, Laisk A, Nedbal L, Govindjee, eds, pp 17-29, Springer Netherlands, Dordrecht.
Other imporatant publications
Circulating histone signature of human lean metabolic-associated fatty liver disease (MAFLD)
Búzová D, et al.
2020. Clinical Epigenetics 12: 126
Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models
Klement M, Děd T, Šafránek D, Červený J, Müller S, Steuer R
2014. Electron Notes Theor Comput Sci 306: 31-44
A Comprehensive Web-based Platform For Domain-Specific Biological Models
Klement M, Šafránek D, Děd T, Pejznoch A, Nedbal L, Steuer R, Červený J, Müller S
2013. Electron Notes Theor Comput Sci 299: 61-67
E-photosynthesis: a comprehensive modeling approach to understand chlorophyll fluorescence transients and other complex dynamic features of photosynthesis in fluctuating light.
Nedbal L, Červený J, Rascher U, Schmidt H
2007. Photosynth Res 93(1-3): 223-234
