Stiskněte "Enter" pro přeskočení obsahu
CZECHGLOBE
Ústav výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i.
image/svg+xml

Ing. Jan Červený, Ph.D.

Photo

Pozice: Vedoucí výzkumné sekce, vedoucí oddělení

Oddělení: Oddělení adaptivních biotechnologií

Pracoviště: ÚVGZ AV ČR, v. v. i. Drásov 470 Drásov 664 24

Email: cerveny.j@czechglobe.cz

Telefon: 775171968

Odborné zaměření

kybernetika; optimalizace procesů; systémová biologie; experimentální biologie; umělá inteligence; strojové učení; biologické rytmy; mikrořasové biotechnologie; vývoj bioaplikací;  selekční výběr/šlechtění mikrořas; matematické modelovéní; 

  • Vývoj metod pro charakterizaci a efektivní optimalizaci produkčních a adaptivních vlastností fotosyntetických mikroorganismů
  • Vývoj referenční experimentální platformy pro validační experimenty
  • Vývoj a návrh technologických řešení pro viabilní řasové biotechnologie
  • Vývoj výpočetní platformy pro prediktivní (in silico) experimenty (http://www.e-cyanobacterium.org/, http://www.e-photosynthesis.org)
  • Matematické modelování a identifikace oscilačních mechanismů u řas a sinic v širokém spektru kultivačních podmínek
  • Vysokokapacitní fluorescenční mikroskopické analýza fotosyntetických mikroorganismů na jednobuněčné úrovni
  • Třídění směsných populací a selekce podpopulací s vybranými vlastnostmi
  • Šlechtění vybraných druhů mikroorganismů

Vzdělání

  • 2011: Ph.D. z Technické kybernetiky, studijní obor Teorie řízení a systémové inženýrství, České vysoké učení technické v Praze (téma Matematické modely v řasových biotechnologiích, školitel prof. P. Zítek)
  • 2004: Ing. z Přístrojové a řídící techniky na Oddělení automatického řízení, České vysoké učení technické v Praze

Profesní kariéra

  • 2015 : Vedoucí výzkumné sekce, Sekce adaptivních a inovačních technik, Ústav výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov
  • 2013 : Vedoucí oddělení, Oddělení adaptivních biotechnologií, Centrum výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i., Drásov
  • 2010 – 2013: Vedoucí skupiny, Laboratoř fyziologie a biotechnologie, Ústav systémové biologie a ekologie, v.v.i, Nové Hrady
  • 2009 – 2012: R&D a vědecký poradce, Photon Systems Instruments, spol. s r.o., Drásov
  • 2005 – 2010: Vědecký pracovník, Ústav systémové biologie a ekologie AV ČR, v.v.i, Nové Hrady
  • 2004 – 2007: Asistent výzkumu a vzdělávání, Ústav přístrojové a řídicí techniky, České vysoké učení technické v Praze, Praha
  • 2002 – 2007: Vědecký pracovník, Centrum aplikované kybernetiky, Praha

Významné výzkumné pobyty a stipendia

  • 2019 (3 měsíce): Honorary Appointment Fellow na Climate Change Cluster, University of Technology Sydney, Sydney, Australia (Prof. Peter Ralph)
  • 2010 (7 měsíců): Research Associate na Department of Chemistry and Biochemistry, University of California Los Angeles, Los Angeles, USA (Prof. Sabeeha S. Merchant)
  • 2008 (1 měsíc): Visiting Scientist na Department of Biology, Washington University in St. Louis, St. Louis, USA (Prof. Himadri B. Pakrasi)

Členství

Člen Rady instituce Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.

Člen Kolegia ředitele Ústavu výzkumu globání změny AV ČR, v.v.i.

Člen poradního panelu MathWorks

Člen pracovní skupiny CzechGlobe-HRS4R/HR Excellence in Research Award

Člen řídicí rady ESFRI Centra pro systémovou biologii – C4Sys

Člen recenzního panelu PLOS ONE

Člen recenzního panelu Engineering in Life Sciences

Člen recenzního panelu Bioresource Technology

Člen recenzního panelu Plant and Cell Physiology

Člen recenzního panelu Algal Research

Člen recenzního panelu Photosynthetica

Člen recenzního panelu Journal of Advanced Research

Člen recenzního panelu BioProtocols

Člen Society for Experimental Biology

Mentor mladých vědců pro Frontiers Young Minds

Stručná scientometrie

Statistiky (GS [WoS]):

Počet publikací: 80 [41]
Počet citací
: 908 [488]

h-index: 18 [13]

ResearcherIDORCID

Odborné recenzované časopisy:

hlavní nebo korespondující/supervizující autor:

Accumulation of cyanobacterial oxadiazine nocuolin A is enhanced by temperature shift during cultivation and is promoted by bacterial co-habitants in the culture
Chmelík D, Hrouzek P, Fedorko J, Vu DL, Urajová P, Mareš J, Červený J
2019. Algal Research : 1-9

Towards a quantitative assessment of inorganic carbon cycling in photosynthetic microorganisms
Müller S, Zavřel T, Červený J
2019. Eng Life Sci : 1-13 

Quantitative insights into the cyanobacterial cell economy
Zavřel T, Faizi M, Loureiro C, Poschmann G, Stühler K, Sinetova M, Zorina A, Steuer R, Červený J
2019. Elife 8: e4250

Spectrophotometric determination of phycobiliprotein content in cyanobacterium Synechocystis
Zavřel T, Chmelík D, Sinetova MA & Červený J
2018. Journal of Visualized Experiments 139: 1–9

Phenotypic characterization of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains reveals differences in sensitivity to abiotic stress
Zavřel T, Očenášová P, Červený J
2017. PLOS ONE 12(12): 1-21

Optimizing cyanobacterial product synthesis: Meeting the challenges
Zavřel T, Knoop H, Červený J, Steuer R
2016Bioengineered 7(6): 490-496

Mechanisms of high temperature resistance of Synechocystis sp. PCC 6803: an impact of histidine kinase 34
Červený J, Sinetova MA, Zavřel T, Los DA
2015. Life 5(1): 676-699

Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor
Zavřel T, Sinetové MA, Búzové D, Literékové P, Červený J
2015. Eng Life Sci 15: 122 – 132

Ultradian metabolic rhythm in the diazotrophic cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Červený J, Sinetova MA, Valledor L, Sherman LA, Nedbal L
2013. Proc Natl Acad Sci USA 110: 13210-13215

On the dynamics and constraints of batch culture growth of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142
Sinetova MA, Červený J, Zavřel T, Nedbal L
2012. J Biotechnol 162: 148-155

E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
Šafrének D, Červený J, Klement M, Pospíšilové J, Brim L, Lazár D, Nedbal L
2011. Biosystems 103: 115-124

Metabolic rhythms of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142 correlate with modeled dynamics of circadian clock
Červený J, Nedbal L
2009. J Biol Rhythms 24: 295-303.

Photobioreactor for cultivation and real-time, in-situ measurement of O2 and CO2 exchange rates, growth dynamics, and of chlorophyll fluorescence emission of photoautotrophic microorganisms
Červený J, Šetlík I, Trtílek M, Nedbal L
2009. Eng Life Sci 9: 247-253.

– vybraná spoluautorství:

SBML Level 3: An Extensible Format for the Exchange and Reuse of Biological Models.
Keating, SM, et al.

2020. Molecular Systems Biology 16: e9110

Advancement of the cultivation and upscaling of photoautotrophic suspension cultures using Chenopodium rubrum as a case study.
Segečová A, Červený J & Roitsch T
2018. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC) 135(1): 37-51

A model of optimal protein allocation during phototrophic growth
Faizi M, Zavřel T, Loureiro C, Červený J, Steuer R
2018. Biosystems 166: 26–36

Effect of carbon limitation on photosynthetic electron transport in Nannochloropsis oculata
Zavřel T, Szabó M, Tamburic B, Evenhuis C, Kuzhiumparambil U, Literáková P, Červený J, Ralph PJ
2018. J Photochem Photobiol B 181: 31–43

A quantitative evaluation of ethylene production in the recombinant cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 harboring the ethylene-forming enzyme by membrane inlet mass spectrometry
Zavřel T, Knoop H, Steuer R, Jones PR, Červený J, Trtílek M
2016. Bioresour Technol 202: 142-151

Experimental validation of a nonequilibrium model of CO2 fluxes between gas, liquid medium, and algae in a flat-panel photobioreactor
Nedbal L, Červený J, Keren N, Kaplan A
2010. J Ind Microbiol Biotechnol 37: 1319-26

Kapitoly v knihách

Influence of Circadian Clocks on Optimal Regime of Central C-N Metabolism of Cyanobacteria.
Červený J, Šalagovič J, Muzika F, Šafránek D & Schreiber I
2019. In Cyanobacteria: From Basic Science to Applications, pp. 193–206 

Microalgal adaptive biotechnologies for sustainable future.
Červený J, Zavřel T, Chmelík D, Búzová D, Fedorko J, Literáková P, Sukačová K, Segečová A & Roitsch T
2016. In Global Change & Ecosystems, Volume 2: Adaptation to global change, pp. 148-160

E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria.
Troják M, Šafránek D, Hrabec J, Šalagovič J, Romanovská F & Červený J
2016. In Computational Methods in Systems Biology, pp. 316–322

Oscillators for modelling circadian rhythms in cyanobacteria growth 
Fišer J, Červený J, Zítek P
2010. In Modelling, Simulation and Optimization – Focus on Applications, Cakaj S, ed, pp 105-119, In-Tech, Vukovar, Croatia.

Scaling and integration of kinetic models of photosynthesis: Towards comprehensive E-photosynthesis
Nedbal L, Červený J, Schmidt H
2009. In Photosynthesis in silico: Understanding Complexity from Molecules to Ecosystems, Laisk A, Nedbal L, Govindjee, eds, pp 17-29, Springer Netherlands, Dordrecht.

Ostatní významné publikace

Circulating histone signature of human lean metabolic-associated fatty liver disease (MAFLD)
Búzová D, et al.
2020. Clinical Epigenetics 12: 126

Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models
Klement M, Děd T, Šafránek D, Červený J, Müller S, Steuer R
2014. Electron Notes Theor Comput Sci 306: 31-44

A Comprehensive Web-based Platform For Domain-Specific Biological Models
Klement M, Šafrének D, Děd T, Pejznoch A, Nedbal L, Steuer R, Červený J, Müller S
2013. Electron Notes Theor Comput Sci 299: 61-67

E-photosynthesis: a comprehensive modeling approach to understand chlorophyll fluorescence transients and other complex dynamic features of photosynthesis in fluctuating light.
Nedbal L, Červený J, Rascher U, Schmidt H
2007. Photosynth Res 93(1-3): 223-234